Η Γυάρος, η οποία έχει ενταχθεί στο Δίκτυο Natura 2000 από το 2011 ως Ειδική Ζώνη Διατήρησης και Ζώνη Ειδικής Προστασίας, έχει εξαιρετική οικολογική αξία αφού είναι μία από τις σημαντικότερες περιοχές αναπαραγωγής της απειλούμενης με εξαφάνιση μεσογειακής φώκιας, φιλοξενώντας πληθυσμό περίπου 60 ατόμων.

Από το 2019
Για τον λόγο αυτό η Γυάρος και η γύρω θαλάσσια περιοχή σε μία ακτίνα 3 ναυτικών μιλίων προστατεύεται από το 2019 με διαδοχικές υπουργικές αποφάσεις και στη συνέχεια, με απόφαση των τοπικών λιμενικών αρχών σε εφαρμογή της εγκεκριμένης Ειδικής Περιβαλλοντικής Μελέτης από τον Μάρτιο του 2025.
Μέσω του Προεδρικού Διατάγματος που – καλύπτει μια έκταση 260.369 στρεμμάτων εκ των οποίων το 93,2% είναι θαλάσσια περιοχή – οριοθετείται η Προστατευμένη Περιοχή, προσδιορίζονται οι επιμέρους Ζώνες Προστασίας και οι επιτρεπόμενες χρήσεις και δραστηριότητες. Ειδικότερα θεσπίζονται:
1 Τρεις Ζώνες Απόλυτης Προστασίας της φύσης στις οποίες περιλαμβάνονται οι πλέον ευαίσθητες περιοχές (θαλάσσιες και χερσαίες), όπως κρίσιμα ενδιαιτήματα αναπαραγωγής και ξεκούρασης της Μεσογειακής Φώκιας (Monachus monachus) και του Μύχου (Puffinus yelkouan) και θαλάσσια λιβάδια Ποσειδωνίας (Posidonia oceanica).
2 Τρεις Ζώνες Προστασίας της φύσης που καλύπτουν περιοχές με υψηλή οικολογική αξία, όπου επιτρέπονται μόνο ήπιες δραστηριότητες.
3 Μία Ζώνη Διατήρησης Οικοτόπων και Ειδών, που περιλαμβάνει την ευρύτερη θαλάσσια περιοχή γύρω από τη νήσο Γυάρο (εξωτερικό όριο τα 3 ναυτικά μίλια).
4 Μία μικρή Ζώνη Βιώσιμης Διαχείρισης Φυσικών Πόρων επί του νησιού, στην οποία εντάσσεται το τμήμα των ιστορικών κτιρίων των φυλακών για τη συντήρηση, επισκευή και αποκατάσταση των υφιστάμενων ιστορικών και πολιτιστικών κτιρίων.

Μπλοκ
Παράλληλα, απαγορεύεται κάθε αλιευτική δραστηριότητα (επαγγελματική και ερασιτεχνική) στα 3 ν.μ. γύρω από το νησί, με στόχο την πλήρη ανάκαμψη των ιχθυοαποθεμάτων ενώ, στο πλαίσιο της διαχείρισης της χλωρίδας και της πανίδας του νησιού, το Διάταγμα επιτρέπει τη διαχείριση των πληθυσμών των αγριογούρουνων και των αγριοκούνελων.
«Θησαυροί»
Η εικόνα στο νησί της Γυάρου συχνά αποτυπώνει φώκιες σε παραλίες να θηλάζουν τα μικρά τους και θαλασσοπούλια να φτιάχνουν φωλιές μέσα σε «λαγούμια» στα απόκρημνα βράχια της. Κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας υπάρχουν καταπράσινα λιβάδια Ποσειδωνίας και ακόμη πιο βαθιά κοραλλιογενείς σχηματισμοί, υποβρύχια τοπία μοναδικής περιβαλλοντικής αξίας και απαράμιλλης ομορφιάς.
Πιο συγκεκριμένα, στις παραλίες του νησιού ζει και αναπαράγεται το 10% περίπου του παγκόσμιου πληθυσμού της Μεσογειακής Φώκιας Monachus monachus και στις απόκρημνες, βραχώδεις πλαγιές του φωλιάζει η δεύτερη μεγαλύτερη αποικία του Μύχου Puffinus yelkouan στον κόσμο και πολλά ακόμα θαλασσοπούλια. Κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας «αναπνέουν» τα λιβάδια Ποσειδωνίας και οι κοραλλιογενείς «κήποι» της τραγάνας, που συνθέτουν ένα ζωογόνο οικοσύστημα στο οποίο βρίσκουν καταφύγιο εκατοντάδες οργανισμοί. Η στεριά φιλοξενεί μια πλούσια βιοκοινότητα, όπου μόνο εκεί υπάρχει το μαύρο φίδι της Γυάρου.
Προστατευόμενα είδη
* Περίπου 240 είδη και υποείδη χλωρίδας, συμπεριλαμβανομένου του ενδημικού είδους των δυτικών Κυκλάδων Fritillaria obliqua subsp. tuntasia.
* Δύο προστατευόμενα είδη θηλαστικών, η Μεσογειακή Φώκια και το Ρινοδέλφινο.
* Περισσότερα από 30 είδη ορνιθοπανίδας – σημαντικά αναπαραγόμενα είδη είναι ο Μύχος, ο Θαλασσοκόρακας, ο Σπιζαετός, ο Μαυροπετρίτης και η Αετογερακίνα.
* Πέντε είδη ερπετών, συμπεριλαμβανομένου του Φιδιού της Γυάρου, του οποίου ο πληθυσμός της Γυάρου αποτελεί τον μοναδικό ελληνικό πληθυσμό.
* Τουλάχιστον 45 είδη ασπονδύλων – περίπου 23 κολεόπτερα, 5 χειλόποδα, 8 αράχνες, 1 σκορπιός και 20 είδη χερσαίων μαλάκιων, εκ των οποίων 19 χερσαία σαλιγκάρια και 1 σαλιγκάρι του γλυκού νερού.
* Πλήθος από είδη ψαριών, όπως Σκάροι, Στήρες, Σάλπες, Γερμανοί, Μελανούρια, Κακαρέλοι και Μπαρμπούνια.
* Επιπλέον, στην προστατευόμενη περιοχή καταγράφονται συνολικά 16 φυσικοί τύποι οικοτόπων.
Εύσημα από WWF
Σύμφωνα με τη WWF Ελλάς, το 2011 η θαλάσσια περιοχή της Γυάρου εντάχθηκε στο ευρωπαϊκό δίκτυο Προστατευόμενων Περιοχών Natura 2000 και το 2019 έγινε η πρώτη Θαλάσσια Προστατευόμενη Περιοχή στις Κυκλάδες με συγκεκριμένα μέτρα προστασίας του φυσικού της πλούτου, ενώ πλέον εκδόθηκε και το πολυαναμενόμενο Προεδρικό Διάταγμα, μια στιγμή καθοριστική που ολοκληρώνει θεσμικά την προσπάθεια πολυετούς προστασίας της περιοχής. «Χρόνια επίμονης δουλειάς και ουσιαστικής συνεργασίας με 50 διαφορετικούς φορείς οδήγησαν σε μία μεγάλη στιγμή για τη Γυάρο: την υπογραφή του Προεδρικού Διατάγματος που κατοχυρώνει την προστασία της. Η Γυάρος αποδεικνύει ότι όταν ενώνουμε δυνάμεις για ένα κοινό όραμα, η προστασία της φύσης και η βιώσιμη ανάπτυξη γίνονται πράξη, όπως πρέπει να συμβεί και στα θαλάσσια πάρκα του Αιγαίου και του Ιονίου, αλλά και στις υπόλοιπες προστατευόμενες περιοχές της χώρας», τόνισε σε δήλωσή του ο διευθυντής της WWF, Δημήτρης Καραβέλας.