Ο θεσμός της εκλογής του Πάπα αποκλειστικά από τους καρδινάλιους, χωρίς τη συμμετοχή λαϊκού στοιχείου, έχει τις ρίζες του στο 1059, δηλαδή λίγο μετά το δεύτερο σχίσμα Ανατολικής και Δυτικής Εκκλησίας του 1054.Το καθιέρωσε με διάταγμα ο Πάπας Νικόλαος Β΄, όπως και την εκλογή Ποντίφικα με πλειοψηφία δύο τρίτων, η οποία όμως δεν γινόταν πάντοτε σεβαστή.
Το «μάντρωμα» των καρδιναλίων, με τον τρόπο που ξέρουμε σήμερα, επιβλήθηκε για πρώτη φορά το 1198, στην εκλογή του «Πάπα των Σταυροφοριών», Ινοκέντιου Γ΄. Ο θάνατος του Κλήμεντος Δ΄το 1268 εγκαινίασε την πιο μακρά περίοδο χηρείας του παπικού θρόνου, 33 ολόκληρους μήνες. Οι καρδινάλιοι ήταν αδύνατον να συμφωνήσουν, ώσπου αγανακτισμένοι οι κάτοικοι του Βιτέρμπο, μιας πόλης κοντά στη Ρώμη, όπου συνεδρίαζαν ατέρμονα οι κεφαλές του Καθολικισμού, τους απέκλεισαν στο τοπικό παλάτι αναγκάζοντάς τους να εκλέξουν τον Γρηγόριο Ι΄.
Υστερα από αυτή την τραυματική εμπειρία, ο νέος Πάπας θέσπισε στη Σύνοδο της Λιόν αυστηρούς κανόνες για την εκλογή του διαδόχου του. Ετσι, το 1274 οι καρδινάλιοι κλειδώθηκαν με κλειδί (cum clave, εξ ου και το κονκλάβιο) που βρισκόταν στην κατοχή του καμεράριου (camerlengo). Αυτός είχε εντολή να μην τους ξεκλειδώσει προτού εκλέξουν Πάπα, αφήνοντάς τους μάλιστα νηστικούς και διψασμένους μετά την τρίτη μέρα.
Προτού μπει κάποια τάξη στην εκλογή, τους προηγούμενους αιώνες η εναλλαγή στο παπικό αξίωμα δεν είχε σε τίποτα να ζηλέψει από τις αιματηρές διαμάχες για τον αυτοκρατορικό θρόνο. Αλλοι Πάπες εκλέγονταν με μία απλή προκήρυξη, άλλοι ύστερα από βίαιες συγκρούσεις, όπως ο Γερμανός πάπας Δάμασος, την ημέρα της εκλογής του οποίου οι δρόμοι της Ρώμης σπάρθηκαν με 100 πτώματα. Συχνά το αξίωμα κληροδοτούνταν από πατέρα σε γιο, ανάμεσα στις πλούσιες ρωμαϊκές οικογένειες.
Οταν ο Γερμανός αυτοκράτορας Ερρίκος Γ΄ μπήκε στη Ρώμη, για να ενθρονιστεί, το 1046, βρήκε μπροστά του… τρεις Πάπες. Χωρίς δισταγμό τούς καθάρισε όλους κι έβαλε έναν δικό του, για να έχει το κεφάλι του ήσυχο.
