Ο Ζέκα αγωνίζεται για πρώτη φορά με τα χρώματα του Παναθηναϊκού σε αναμέτρηση για τα προκριματικά του Europa League στο Ισραήλ με την Μακάμπι Τελ Αβίβ στις 18 Αυγούστου 2011, όπου οι «πράσινοι» ηττήθηκαν με 3-0, όπως σχετικά αναφέρει η ιστοσελίδα της λίγκας.
Λίγες ημέρες αργότερα, στις 28 Αυγούστου 2011, στην Κέρκυρα ο Ζέκα πήρε το βάπτισμα του πυρός στο ελληνικό πρωτάθλημα. Για την 1η αγωνιστική της σεζόν 2011-12 βρέθηκε στη μεσαία γραμμή του Παναθηναϊκού που πήρε τη νίκη με 2-0.
Αυτά ήταν τα πρώτα βήματα μιας πορείας εννέα σεζόν, με τη μια από αυτές να έχει μόλις δύο συμμετοχές πριν αποχωρήσει για το Βέλγιο και την Κοπεγχάγη (2017-2023). Αγωνίστηκε συνολικά σε 275 επίσημα παιχνίδια με τον Παναθηναϊκό με τα 209 να είναι για τη Super League, στην οποία έχει σκοράρει οκτώ φορές.
Η πιο γεμάτη σεζόν του ήταν το 2014-15, όταν αγωνίστηκε συνολικά σε 34 αναμετρήσεις για το πρωτάθλημα και πανηγύρισε δύο γκολ. Η πιο παραγωγική του ήταν το 2012-13, όταν σε 30 αναμετρήσεις για το πρωτάθλημα σημείωσε τέσσερα γκολ. Στα χρόνια που ήταν στον Παναθηναϊκό κατέκτησε δύο τρόπαια, το Κύπελλο Ελλάδος του 2014 και του 2024.
Βρίσκεται στην τέταρτη θέση των ξένων ποδοσφαιριστών με τις περισσότερες συμμετοχές στην ιστορία της ομάδας, πίσω από τον Κριστόφ Βαζέχα, τον Γιόζεφ Βάντσικ και τον Χουάν Ραμόν Ρότσα. Πήρε την ελληνική υπηκοότητα και έγινε μέλος της Εθνικής Ελλάδος, με την οποία αγωνίστηκε σε 34 αγώνες.
