Οι σεισμοί ξεκίνησαν στις 27 Ιανουαρίου 2025 και συνεχίστηκαν για σχεδόν έναν μήνα. Περίπου τα τρία τέταρτα των κατοίκων εγκατέλειψαν το νησί, ενώ υπήρξε μεγάλη κινητοποίηση στρατού, πυροσβεστικής και ενισχύσεων της αστυνομίας από την ηπειρωτική Ελλάδα. Τον Φεβρουάριο κηρύχθηκε κατάσταση έκτακτης ανάγκης, με κλείσιμο των σχολείων για δύο εβδομάδες.

Το άρθρο του «Nature», με τίτλο «Η ηφαιστειακή κρίση αποκαλύπτει ένα συζευγμένο μαγματικό σύστημα στη Σαντορίνη και το Κολούμπο», επιβεβαιώνει ότι αιτία των σεισμών ήταν η ηφαιστειακή δραστηριότητα. Η μελέτη δείχνει ότι μάγμα κυκλοφόρησε ανάμεσα στο ηφαίστειο της Σαντορίνης και το υποθαλάσσιο ηφαίστειο Κολούμπο, που βρίσκεται 7 χιλιόμετρα βορειοανατολικά, αποδεικνύοντας για πρώτη φορά ότι τα δύο ηφαίστεια μοιράζονται την ίδια τροφοδοσία μάγματος.

Σύμφωνα με τον φυσικό Φλοράν Μπρενγκιέ από το γαλλικό ISTerre, στις αρχές του 2025 το μάγμα σχημάτισε έναν δίαυλο στον φλοιό της Γης, διεισδύοντας 13 χιλιόμετρα και σταματώντας μόλις 3 χιλιόμετρα κάτω από την επιφάνεια.

Η δραστηριότητα είχε ξεκινήσει το καλοκαίρι του 2024, με ανυψώσεις της Καλντέρας και αυξημένες εκπομπές ηφαιστειακών αερίων στη Νέα Καμένη, ενώ η εξέλιξη και η κορύφωση της κρίσης ήταν απρόβλεπτες.

Στις 27 Ιανουαρίου 2025, η κατάσταση κλιμακώθηκε με εκατοντάδες σεισμικές δονήσεις και σεισμικό βόμβο, ενώ στις αρχές Φεβρουαρίου μερικοί σεισμοί ξεπέρασαν τους 5 βαθμούς. Μέχρι τις 20 Φεβρουαρίου, η ροή μάγματος προς τον δίαυλο σταμάτησε, οι σεισμοί αραιώθηκαν και η παραμόρφωση του εδάφους έπαψε.