Τη διαφωνία της όσον αφορά τη συμφωνία Τσίπρα-Ιερώνυμου για τις σχέσεις του Κράτους με την Εκκλησία εξέφρασε η Εκκλησία της Κρήτης, η οποία υπάγεται στο Φανάρι, σε μια ένδειξη δυσαρέσκειας που επικρατεί στον ευρύτερο κύκλο του Οικουμενικού Πατριαρχείου για τις προτάσεις της Αθήνας. «Διαφωνεί η Εκκλησία της Κρήτης με τη συμφωνία Τσίπρα-Ιερώνυμου»