Αρνήθηκε ότι ζήτησε τη βοήθειά του για την εκλογή του στη θέση του Μητροπολίτη Κυδωνίας και Αποκορώνου. «Όταν μου το είπε (σ.σ. ότι θέλει να με βοηθήσει) του είπα “κάνε ότι νομίζεις”», είπε μιλώντας στο Mega.

«Οι διαδικασίες για να εκλεγεί κάποιος Μητροπολίτης στην Κρήτη είναι συγκεκριμένες. Εγώ δεν είμαι υποψήφιος για τα Χανιά», ανέφερε, εξηγώντας ότι ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Δαμασκηνός δεν τον ενέγραψε στον κατάλογο προς αρχιεροσύνη, αν και είχε καταθέσει τα σχετικά έγγραφα.

Ο αρχιμανδρίτης Μελχισεδέκ τόνισε ότι δεν ζήτησε, ούτε θα ζητήσει από κάποιον να κάνει παρέμβαση για εκκλησιαστικό γεγονός. Το επόμενο διάστημα, προανήγγειλε ότι θα ζητήσει από «πνευματικά του παιδιά, που είναι νομικοί, να ασχοληθούν για ποιο λόγο διασύρθηκε το όνομά» του, καθώς δεν είχε επαφή ούτε με τα της Μονής. «Για το θέμα της εκκλησιαστικής περιουσίας, τα 175 στρέμματα που υπάρχουν στη δικογραφία, το γνώριζαν οι αρχές. Ούτε είχα σχέση με το μοναστήρι, ούτε ηγούμενος ήμουν», είπε.

Αναφερόμενος στις σχέσεις του με τον φερόμενο ως αρχηγό της μαφίας, ο αρχιμανδρίτης Μελχισεδέκ είπε: «Εμείς οι Κρητικοί δεν έχουμε θέματα, θα πιούμε το κρασί, θα κάνουμε και την παρέα μας, αλλά δεν ξέρω το μητρώο του καθενός».

Πάντως, ο αρχιμανδρίτης Μελχισεδέκ διευκρίνισε ότι δεν είναι ο ιερέας που εμφανίζεται στη δικογραφία να εκβιάζεται για βίντεο ερωτικού περιεχομένου, ούτε έχει κάποια εμπλοκή σε αγοραπωλησίες.

«Έχω στην κατοχή μου τεμάχιο λειψάνων του Αγίου μέσα στην εικόνα, του είπα ότι θα το φέρω για να προσκυνήσουν. Ούτε ότι θα δώσω, ούτε κάτι άλλο», είπε είπε. «Βρέθηκα σε στιγμή αδυναμίας όταν ρωτήθηκα εάν τα λείψανα είναι γνήσια», είπε για διάλογο που είδε το φως της δημοσιότητας και στο οποίο συζητά για το θέμα.