Από τις αρχές Ιανουαρίου, καθώς το Ιράν διαχειριζόταν μαζικές διαδηλώσεις και την απειλή εξωτερικών επιθέσεων, ο Αγιατολάχ Αλί Χαμενεΐ ανέθεσε στον Αλί Λαριτζανί κεντρικό ρόλο στη λήψη αποφάσεων. Ο 67χρονος Λαριτζανί, πρώην διοικητής του Σώματος των Φρουρών της Επανάστασης και νυν επικεφαλής του Ανώτατου Συμβουλίου Εθνικής Ασφάλειας, αναφέρεται ότι «διοικεί ουσιαστικά τη χώρα» και παραγκώνισε τον πρόεδρο Μασούντ Πεζέσκιάν. Πηγές που μίλησαν υπό τον όρο της ανωνυμίας αναφέρουν ότι ο Λαριτζανί επιβλέπει τις διαπραγματεύσεις για το πυρηνικό ζήτημα, συντονίζει συμμαχίες με Ρωσία, Κατάρ και Ομάν και εκπονεί σχέδια για διαχείριση κατάστασης πολέμου.

Στο επίκεντρο των οδηγιών του Χαμενεΐ βρίσκεται η διασφάλιση της επιβίωσης του πολιτειακού συστήματος σε περίπτωση στρατιωτικού πλήγματος ή δολοφονίας κορυφαίων στελεχών. Οι εντολές που παρατίθενται περιλαμβάνουν τον ορισμό «τεσσάρων επιπέδων διαδοχής» για κάθε στρατιωτική διοίκηση και κυβερνητική θέση που επικαλείται ο ίδιος, καθώς και την απαίτηση κάθε ηγέτη να ορίσει έως και τέσσερις αντικαταστάτες. Ο Χαμενεΐ φέρεται να έχει αναθέσει σε έναν στενό κύκλο την εξουσία λήψης αποφάσεων αν διακοπεί η επικοινωνία μαζί του ή αν αυτός σκοτωθεί. Στον κύκλο αυτό, σύμφωνα με τις πηγές, περιλαμβάνονται ο υποστράτηγος Γιαχιά Ραχίμ Σαφάβι, ο ταξίαρχος Μοχάμεντ Μπαγκέρ Γκαλιμπάφ και ο κληρικός Αλί Ασγκάρ Χετζαζί, με τον Γκαλιμπάφ να αναφέρεται και ως de facto αναπληρωτής στη διοίκηση των ενόπλων δυνάμεων κατά τη διάρκεια πολεμικής κατάστασης. Οι πηγές επισημαίνουν ότι παρότι για τη θέση του θρησκευτικού διαδόχου απαιτείται ανώτερος σιίτης κληρικός, η πρακτική διαχείριση του κράτους σε περίοδο κρίσης εμπιστεύεται και πολιτικούς ή στρατιωτικούς με τεχνοκρατική εμπειρία.

Οι ένοπλες δυνάμεις τέθηκαν σε υψηλή ετοιμότητα και, όπως αναφέρουν οι πηγές, τοποθετούνται εκτοξευτές βαλλιστικών πυραύλων κατά μήκος των δυτικών συνόρων με το Ιράκ — αρκετά κοντά ώστε να έχουν βεληνεκές εναντίον του Ισραήλ — καθώς και κατά μήκος των νότιων ακτών στον Περσικό Κόλπο, εντός της εμβέλειας αμερικανικών βάσεων και άλλων στόχων στην περιοχή. Σε εσωτερικό επίπεδο προβλέπεται η ανάπτυξη ειδικών δυνάμεων της αστυνομίας, πρακτόρων μυστικών υπηρεσιών και ταγμάτων της πολιτικής πολιτοφυλακής Basij για τον έλεγχο πόλεων, την εγκατάσταση σημείων ελέγχου και την έρευνα για πράκτορες με ξένες συνδέσεις. Ο Αλί Λαριτζανί, σε συνέντευξη κατά την επίσκεψή του στο Κατάρ, δήλωσε: «Είμαστε έτοιμοι στη χώρα μας. Είμαστε σίγουρα πιο ισχυροί από πριν, έχουμε προετοιμαστεί τους τελευταίους επτά, οκτώ μήνες, εντοπίσαμε τις αδυναμίες μας και τις διορθώσαμε. Δεν επιδιώκουμε τον πόλεμο και δεν θα ξεκινήσουμε τον πόλεμο. Αλλά αν μας τον επιβάλουν, θα ανταποκριθούμε».